Automatyczne księgowanie dokumentów możliwe jest w ramach tej samej bazy danych. Oznacza to, że ta sama firma ma dodany moduł Księgi oraz moduł Magazyn (widać to w oknie System>Otwórz firmę):

Jeśli baza danych jest wspólna dla obu modułów, można przejść do funkcji automatycznego księgowania w KPiR. W tym celu należy przejść w module księgowym na zakładkę Dodatki>Księguj dokumenty>z programu Magazyn/Fakturowanie PRO

Po uruchomieniu tego okna pojawi się lista dokumentów wystawionych w module Magazyn/Fakturowanie w danym okresie:

Wybieramy z listy dokumenty, które chcemy zaksięgować oraz wybieramy, czy dana faktura ma być dodana do księgi, ewidencji VAT czy do ryczałtu.

Po zaznaczeniu odpowiednich pozycji klikamy opcję 'Księguj wybrane dokumenty' albo 'Księguj wszystkie dokumenty z listy'. Wówczas wybrane pozycje zostaną zaksięgowane i pojawi się infomracja o ilości zaksięgowanych dokumentów: